東京城里有透明怪人的話題，被新聞媒體炒得沸沸揚揚。不久島田的珍珠寶塔被人盜走，接著明智大偵探夫婦相繼失蹤也變成透明人。一天，透明怪人團伙的首領怪老人被抓，盤問怪老人的審訊室里居然出現(xiàn)三個明智大偵探，這究竟是怎么回事？明智大偵探和少年偵探團能將犯罪嫌疑人繩之以法嗎？

被關押在監(jiān)獄里的怪盜二十面相宣稱，自己已經升級為四十面相，并成功越獄。這一回，他的目標是黃金骷髏的寶藏，大偵探明智小五郎和小林芳雄能夠搶先破解寶藏的密碼，并再次將四十面相繩之以法嗎？

日本上空出現(xiàn)了宇宙飛碟，有很多人都親眼目睹，媒體也競相報道。飛碟中的怪人，在日本頻頻亮相，制造一個又一個事件，這使人們陷入恐慌。大偵探明智小五郎和他的徒弟小林芳雄，又一次與歹徒斗智斗勇，揭開宇宙飛碟和宇宙怪人的秘密……

天色暗淡的傍晚，一位白胡子爺爺出現(xiàn)在東京的一條街上。他與少年們交談時謊稱深山老林里有鐵塔王國，并要挾高橋賢二的父親向鐵塔王國捐助巨額經費。因其父親拒絕捐助，賢二遭到綁架。少年偵探小林秘密潛入鐵塔王國，被歹徒識破，與賢二一起被關押在空中牢房，情況緊急。明智大偵探與警方能否端掉鐵塔王國，抓獲獨角蟲怪物團伙？

東京城里發(fā)生了一連串的搶劫盜竊案件，并且事后在案發(fā)現(xiàn)場都發(fā)現(xiàn)了落款灰色巨人的便箋。在珍珠塔和珍珠項鏈之后，歹徒將目標對準了少年偵探園井家的彩紅寶石王冠，少年偵探團和流浪兒別動隊全體出動，能夠戰(zhàn)勝神秘的灰色巨人嗎？灰色巨人的真面目到底是什么呢？

某海難救助公司接受委托，潛入某處淺海區(qū)打撈一艘沉船，結果連沉船影子也沒有見著。十天后，少年偵探賢吉在神社森林里發(fā)現(xiàn)一個匆忙的人影。這人讓他保管一只小鐵箱，箱子里藏有當年的船長遺書、保險公司的證明書和到航海圖。為尋找和打撈這批黃金，潛水員先后在沉船附近發(fā)現(xiàn)鐵人魚、魚形潛水艇和巨型螃蟹等……

東京城里出現(xiàn)了一頭專門吞吃珠寶和鈔票的黃金豹，它先后搶劫了銀行、珠寶店，還引發(fā)了一起列車劫案，搞得人心惶惶，而且每次它消失的時候，都會出現(xiàn)一個老人……大偵探明智小五郎和小林芳雄帶領少年偵探團層層設防，終于撕下了黃金豹的偽裝，讓所有的失物物歸原主。

六年級學生不二夫發(fā)現(xiàn)院子樹林里有一黃金怪人，可以瞬間變成少年和只有二十厘米高度的矮個。不久，其父親珍藏的書失竊。又不久，少年偵探團長小林被誘騙落入圈套。明智將計就計，救出小林，與少年偵探團一起協(xié)助警方搗毀了黃金怪人的巢穴。

馬戲團的演出現(xiàn)場驚現(xiàn)骷髏怪人。來歷不明的骷髏怪人頻頻滋事，將馬戲團攪得天翻地覆。同時，馬戲團長的兒子正一神秘失蹤。為了解真相，少年偵探團一路追蹤腹語術師，發(fā)現(xiàn)了驚人的秘密，一場隱藏十幾年的復仇計劃就此揭開……

惡魔的面孔突然出現(xiàn)，天空、池塘也相繼出現(xiàn)了驚人的巨臉，整個日本陷入一片恐怖的氛圍。東京監(jiān)察廳的檢察官花崎俊夫，因秉公執(zhí)法得罪了一些人，他的兩個孩子相繼被綁架。大偵探明智小五郎又一次與歹徒斗智斗勇，真相終于漸漸浮出水面……