在學科邏輯的背景下，以大學科群或者大學科門類為基石構建學院，以二級學科為單位建立系，同時可以以前瞻性的學科為基礎成立特色學院；在管理邏輯的背景下，要強調(diào)院系相對獨立的實體性地位，合理分配學校、學院以及系的權力，堅持以學術權力為主導性力量。在學科邏輯與管理邏輯的雙重作用下，研究型大學的院系學術組織運作機制需要關注院系的用人機制、財務機制以及儀器設備共享機制的建立與效率提升。北京師范大學的校中校模式、浙江大學的學部制以及華中科技大學不斷完善的學院制是當前我國研究型大學院系學術設置改革的三種典型模式。三種模式都非常關注學科的中心地位，但是，總體說來院系中學科的寬窄度、關聯(lián)度和認受度還不理想，學院數(shù)量過多、學科容量過小以及學科結構失調(diào)；還由于不合理的資源分配與激勵方式的存在，院系設置異化為一種利益分配行為，所以院系學術組織的設置還存在盲目從眾與攀比以及同質化競爭等現(xiàn)象。