《閩臺歷代方志集成》包括《福建省志輯》《臺灣志書輯》《福建府州志輯》《福建縣廳志輯》4輯。其中《福建省志輯》《臺灣志書輯》匯輯福建歷代（截至1949年）和臺灣歷代（截至1895年）所編的省、府（州）、縣三級地方志書，是從歷代刊刻的81個刊本中精心篩選出的51種珍貴文獻，共138冊106752面。內容涉及閩臺兩地歷代以來至民國時期所編方志，其中有許多版本來自海內外孤本、善本和珍本。