《分部本草妙用》共十卷，主要按臟腑經絡分部。從卷一開始，依次為肝部、心部、脾部、肺部、腎部，五臟各占一卷；兼經部兩卷；以上每卷分別再分溫補、寒補、溫瀉、寒瀉、性平五類。其分類不明者，設雜藥一部；卷九為谷部、菜部、果部；卷十為獸部、禽部、水族部、水部、火部、土部。如此羅列藥物，分別闡述用藥法要。
　　本次整理校注，以僅存孤本崇禎刻本（孤本）為底本。