小石頭是一個10歲的小男孩。有一天，他結識了從紙上跳出來的小蘑菇，跟隨他游歷了一個個神秘的國家：所有蘑菇都能開口說話的蘑菇國，被逼迫每天聽國王講演的眼淚國，所有臣民都是膽小鬼的害怕國，終年下著大雪的冰雪王國，以及建造在天空的飛鳥國…… 神秘國表面平靜，實則處處險境。小石頭能化解危機，成為所向披靡的小英雄嗎？