目錄
第一章 中藥網(wǎng)絡藥理學概論 1
1.1 中藥網(wǎng)絡藥理學的提出與發(fā)展 1
1.1.1 提出背景 1
1.1.2 發(fā)展過程 2
1.1.3 發(fā)展現(xiàn)狀 3
1.2 中藥網(wǎng)絡藥理學研究模式 4
1.2.1 網(wǎng)絡構建 4
1.2.2 網(wǎng)絡可視化 6
1.2.3 網(wǎng)絡分析 6
1.2.4 網(wǎng)絡驗證 7
1.3 中藥網(wǎng)絡藥理學的優(yōu)勢和挑戰(zhàn) 9
1.3.1 優(yōu)勢和應用 9
1.3.2 面臨的挑戰(zhàn) 13
1.3.3 發(fā)展的方向 16
參考文獻 16
第二章 中藥網(wǎng)絡藥理學分析常用工具 21
2.1 中藥成分分析技術與工具 21
2.1.1 中藥成分采集技術 21
2.1.2 中藥成分檢索工具 23
2.2 中藥成分靶點檢索工具 32
2.2.1 SwissTargetPrediction：生物活性小分子靶點檢索網(wǎng)站 33
2.2.2 PharmMapper：藥效團模型分子垂釣數(shù)據(jù)庫 33
2.2.3 ChemMapper：靶點預測及化學關系研究平臺 34
2.2.4 HIT 2.0：草藥成分靶標平臺 34
2.2.5 Bingding DB：藥物靶點和小分子互作數(shù)據(jù)庫 35
2.2.6 SEA：相似集成方法數(shù)據(jù)庫 35
2.2.7 TargetNet：藥物-靶標相互作用預測數(shù)據(jù)庫 36
2.2.8 ChEMBL：藥物化學數(shù)據(jù)庫 37
2.2.9 STITCH：化學品相互作用網(wǎng)絡 37
2.2.10 ZINC虛擬篩選市售化合物數(shù)據(jù)庫 38
2.2.11 PDTD：潛在藥物靶標庫 38
2.2.12 SuperPred：化合物-靶標相互作用數(shù)據(jù)庫 39
2.2.13 DGIdb：藥物-基因相互作用數(shù)據(jù)庫 40
2.2.14 HERB：中藥高通量實驗和參考指南數(shù)據(jù)庫 40
2.2.15 ACNPD：抗腫瘤天然產(chǎn)物數(shù)據(jù)庫 41
2.2.16 TCMIO：中藥腫瘤免疫數(shù)據(jù)庫 41
2.3 疾病靶點相關數(shù)據(jù)庫 43
2.3.1 OMIM：在線孟德爾人類遺傳數(shù)據(jù)庫 43
2.3.2 TTD：治療靶標數(shù)據(jù)庫 43
2.3.3 DRUGBANK：藥物和藥物靶標數(shù)據(jù)庫 44
2.3.4 DisGeNET：疾病綜合信息查詢平臺 45
2.3.5 GeneCards：人類基因綜合數(shù)據(jù)庫 45
2.3.6 GEO：基因表達綜合數(shù)據(jù)庫 46
2.3.7 MalaCards：人類疾病數(shù)據(jù)庫 46
2.3.8 GEPIA2：基于基因表達水平值的交互式分析平臺 47
2.4 常用特定疾病相關數(shù)據(jù)庫 48
2.4.1 HAGR：人類衰老基因組資源 48
2.4.2 ProMENDA：抑郁癥相關蛋白質(zhì)和代謝物網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫 48
2.4.3 CTD：比較毒理基因組學數(shù)據(jù)庫 49
2.5 常用蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫 50
2.5.1 STRING：互作基因/蛋白質(zhì)檢索工具 50
2.5.2 BioGRID：交互數(shù)據(jù)集生物通用存儲庫 50
2.5.3 IntAct：分子相互作用數(shù)據(jù)庫 52
2.6 富集分析數(shù)據(jù)庫 52
2.6.1 DAVID：生物信息整合富集分析功能數(shù)據(jù)庫 53
2.6.2 Metascape：基因功能分析數(shù)據(jù)庫 53
2.6.3 ClueGO：Cytoscape富集分析插件 53
2.6.4 FunRich：功能富集和網(wǎng)絡分析工具 54
2.6.5 Reactome：生物過程知識庫 55
2.6.6 GeneMANIA：基因功能分析數(shù)據(jù)庫 56
2.7 中藥-成分-靶點-疾病可視化相關工具 56
2.7.1 Cytoscape 57
2.7.2 Gephi 57
2.8 分子對接常用軟件 57
2.8.1 SYBYL：綜合分子模擬軟件 58
2.8.2 Schrodinger：分子模擬軟件 58
2.8.3 AutoDock：開源免費分子模擬軟件 59
2.8.4 SeeSAR：藥物設計軟件 60
2.8.5 GOLD：計算大小分子結合模式的分子對接程序 60
參考文獻 61
第三章 中藥網(wǎng)絡藥理學分析實踐教程 66
3.1 中藥成分采集實踐流程 66
3.1.1 數(shù)據(jù)庫檢索法：以 TCMSP數(shù)據(jù)庫為例 66
3.1.2 實驗數(shù)據(jù)定性法：高分辨質(zhì)譜數(shù)據(jù)結合數(shù)據(jù)庫進行成分表征 67
3.1.3 GNPS數(shù)據(jù)庫實踐案例 69
3.1.4 TCMID數(shù)據(jù)庫實踐案例 72
3.1.5 BATMAN-TCM數(shù)據(jù)庫實踐案例 74
3.2 中藥成分靶點檢索實踐案例 76
3.2.1 SwissTargetPrediction實踐案例 76
3.2.2 PharmMapper實踐案例 78
3.2.3 ChemMapper實踐案例 79
3.2.4 SEA實踐案例 81
3.3 疾病靶點相關數(shù)據(jù)庫使用實踐流程 82
3.3.1 OMIM數(shù)據(jù)庫使用實踐流程 82
3.3.2 TTD數(shù)據(jù)庫使用實踐流程 83
3.3.3 DrugBank數(shù)據(jù)庫使用實踐流程 84
3.3.4 DisGeNET數(shù)據(jù)庫使用實踐流程 87
3.4 蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫使用實踐流程 89
3.4.1 STRING數(shù)據(jù)庫研究蛋白互作實踐流程 89
3.4.2 BioGRID數(shù)據(jù)庫研究蛋白互作實踐流程 90
3.5 基因功能富集分析實踐流程 92
3.5.1 GO分析實踐流程 92
3.5.2 KEGG分析實踐流程 93
3.5.3 富集分析可視化實踐流程 94
3.6 基于 Cytoscape的網(wǎng)絡可視化實踐流程 96
3.7 分子對接實踐流程 99
3.7.1 從PDB數(shù)據(jù)庫中篩選蛋白結構 100
3.7.2 小分子結構文件的獲取 101
3.7.3 蛋白質(zhì)受體結構的轉(zhuǎn)換 101
3.7.4 小分子配體結構的轉(zhuǎn)換 102
3.7.5 計算網(wǎng)格能量 103
3.7.6 運行AutoDock 103
3.7.7 結果可視化 105
第四章 中藥網(wǎng)絡藥理學模式研究案例 106
4.1 中藥網(wǎng)絡藥理學預測研究 106
4.1.1 中藥網(wǎng)絡藥理學結合分子對接預測研究 106
4.1.2 中藥網(wǎng)絡藥理學結合文獻分析研究112
4.2 中藥網(wǎng)絡藥理學結合實驗驗證 120
4.2.1 中藥網(wǎng)絡藥理學結合分子生物學實驗驗證 120
4.2.2 中藥網(wǎng)絡藥理學結合LC-MS成分分析研究 134
4.2.3 中藥網(wǎng)絡藥理學結合基因轉(zhuǎn)錄組學研究 146
4.2.4 中藥網(wǎng)絡藥理學結合蛋白質(zhì)組學研究 162
4.2.5 中藥網(wǎng)絡藥理學結合代謝組學研究 174
4.2.6 中藥網(wǎng)絡藥理學結合微生物組學研究 183
參考文獻 197
第五章 中藥網(wǎng)絡藥理學應用研究案例 198
5.1 中藥網(wǎng)絡藥理學在中藥藥性理論方面的應用研究 198
5.1.1 中藥網(wǎng)絡藥理學在四性方面的應用研究 198
5.1.2 中藥網(wǎng)絡藥理學在五味方面的應用研究 198
5.1.3 中藥網(wǎng)絡藥理學在歸經(jīng)方面的應用研究 203
5.1.4 中藥網(wǎng)絡藥理學在升降浮沉方面的應用研究 204
5.1.5 中藥網(wǎng)絡藥理學在方劑配伍方面的應用研究 205
5.2 中藥網(wǎng)絡藥理學在中藥質(zhì)量標志物方面的應用研究 209
5.3 中藥網(wǎng)絡藥理學在中藥安全性評價方面的應用研究211
5.4 中藥網(wǎng)絡藥理學在中藥新藥研發(fā)方面的應用研究 218
5.5 中藥網(wǎng)絡藥理學在中成藥二次開發(fā)方面的應用研究 221
參考文獻 236
附錄主要英文縮寫詞英中對照 237