目錄
中文版前言
前言
第1章 演化與發(fā)育的計(jì)算模型 1
1.1 演化算法 1
1.1.1 通用演化算法 1
1.1.2 參數(shù)自適應(yīng)與演化策略 7
1.1.3 直接表示與間接表示 9
1.1.4 多目標(biāo)演化算法 10
1.2 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的計(jì)算模型 14
1.2.1 概述 14
1.2.2 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的數(shù)學(xué)模型 16
1.2.3 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的重建 18
1.3 多細(xì)胞生長(zhǎng)的基因調(diào)控模型 19
1.3.1 概述 19
1.3.2 多細(xì)胞生物的發(fā)育模型 20
1.3.3 細(xì)胞發(fā)育過(guò)程 23
1.4 形態(tài)發(fā)育和神經(jīng)發(fā)育的建模 24
1.4.1 形態(tài)發(fā)育的建模 24
1.4.2 早期神經(jīng)發(fā)育建模 24
1.5 活動(dòng)依賴的神經(jīng)可塑性 25
1.5.1 神經(jīng)可塑性類(lèi)型 25
1.5.2 赫布規(guī)則 26
1.5.3 BCM可塑性規(guī)則 27
1.5.4 穩(wěn)態(tài)調(diào)控 28
1.5.5 脈沖時(shí)序依賴可塑性規(guī)則 28
1.6 總結(jié) 30
第2章 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析 31
2.1 魯棒性和可演化性 31
2.1.1 魯棒性 31
2.1.2 可演化性 32
2.1.3 魯棒性與可演化性之間的權(quán)衡 33
2.2 網(wǎng)絡(luò)模體和連通性 34
2.2.1 典型網(wǎng)絡(luò)模體及其特性 34
2.2.2 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的連通性 36
2.3 布爾基因型-表現(xiàn)型映射中的魯棒性-可演化性權(quán)衡 38
2.3.1 布爾模型 38
2.3.2 布爾模型的編碼 39
2.3.3 魯棒性和創(chuàng)新性的定量度量 42
2.3.4 基因型-表現(xiàn)型映射的多目標(biāo)優(yōu)化 43
2.3.5 實(shí)驗(yàn)分析 44
2.3.6 討論 47
2.4 演化發(fā)育系統(tǒng)的可演化性 48
2.4.1 概述 48
2.4.2 細(xì)胞生長(zhǎng)的發(fā)育模型 48
2.4.3 不依賴適合度函數(shù)的可演化性度量 51
2.4.4 轉(zhuǎn)錄因子（TF）動(dòng)態(tài)分析 57
2.4.5 可演化性的演化 61
2.4.6 討論 64
2.5 總結(jié) 65
第3章 基因調(diào)控動(dòng)態(tài)特性的演化合成 66
3.1 引言 66
3.2 基因開(kāi)關(guān)和振蕩器的演化參數(shù) 67
3.2.1 計(jì)算模型 67
3.2.2 基因調(diào)控動(dòng)態(tài)特性的綜合演化 69
3.2.3 可持續(xù)基因振蕩的可演化性 71
3.3 調(diào)控邏輯的演化 77
3.3.1 概述 77
3.3.2 基因調(diào)控模體與調(diào)控邏輯 78
3.3.3 調(diào)控模體的演化 80
3.3.4 實(shí)驗(yàn)分析 82
3.4 基因模體的演化耦合 86
3.4.1 概述 86
3.4.2 基因模體 86
3.4.3 耦合模體調(diào)控的動(dòng)態(tài)演化 88
3.4.4 仿真分析 89
3.4.5 討論 92
3.5 s.coelicolor轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的演化重構(gòu) 93
3.5.1 概述 93
3.5.2 PhoP網(wǎng)絡(luò)和基因表達(dá)數(shù)據(jù) 94
3.5.3 通用網(wǎng)絡(luò)推斷算法 94
3.5.4 實(shí)驗(yàn)與討論 96
3.6 總結(jié) 98
第4章 形態(tài)發(fā)育的演化 100
4.1 引言 100
4.2 基本知識(shí) 100
4.2.1 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的演化 100
4.2.2 多細(xì)胞生長(zhǎng)模型 101
4.2.3 穩(wěn)定生長(zhǎng)和再生 101
4.3 形態(tài)發(fā)育的計(jì)算模型 102
4.4 演化系統(tǒng) 106
4.4.1 遺傳算子 106
4.4.2 適合度函數(shù) 106
4.5 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與討論 107
4.5.1 實(shí)驗(yàn)設(shè)置 107
4.5.2 穩(wěn)定增長(zhǎng)的可演化性 108
4.5.3 穩(wěn)定發(fā)育的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 109
4.5.4 討論 115
4.6 總結(jié) 116
第5章 神經(jīng)發(fā)育的演化 118
5.1 引言 118
5.1.1 神經(jīng)演化和發(fā)育中的躍變 118
5.1.2 神經(jīng)自組織機(jī)制 119
5.2 早期神經(jīng)發(fā)育的演化 119
5.2.1 概述 119
5.2.2 水螅模型 120
5.2.3 早期神經(jīng)發(fā)育的基因模型 121
5.2.4 脈沖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型 123
5.2.5 發(fā)育順序的演化 123
5.2.6 捕食行為的演化 128
5.2.7 討論 129
5.3 基因調(diào)控神經(jīng)可塑性的演化 130
5.3.1 引言 130
5.3.2 基于可塑性的學(xué)習(xí)中的遺忘干擾 131
5.3.3 液態(tài)狀態(tài)機(jī)中的局部BCM可塑性規(guī)則 140
5.3.4 液態(tài)狀態(tài)機(jī)的自組織 143
5.3.5 液態(tài)狀態(tài)機(jī)中子儲(chǔ)備池的協(xié)同演化 145
5.3.6 回聲狀態(tài)網(wǎng)絡(luò)中局部突觸可塑性的演化 153
5.3.7 回聲狀態(tài)網(wǎng)絡(luò)中局部?jī)?nèi)在可塑性的演化 157
5.4 總結(jié) 161
第6章 腦-體協(xié)同演化計(jì)算 162
6.1 具身對(duì)理解人類(lèi)智能至關(guān)重要 162
6.2 運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元雙邊對(duì)稱(chēng)結(jié)構(gòu)的涌現(xiàn) 162
6.2.1 概述 162
6.2.2 波動(dòng)運(yùn)動(dòng)的物理模型 164
6.2.3 神經(jīng)控制器 165
6.2.4 運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元結(jié)構(gòu)與神經(jīng)控制器的演化 168
6.3 腦-體協(xié)同演化中的功能耦合 171
6.3.1 引言 171
6.3.2 模型 171
6.3.3 結(jié)果和討論 172
6.4 神經(jīng)控制器和形態(tài)發(fā)育在演化中的耦合 174
6.4.1 形態(tài)發(fā)育模型 174
6.4.2 神經(jīng)控制器 174
6.4.3 適合度函數(shù) 175
6.4.4 形態(tài)與神經(jīng)控制器之間的耦合 176
6.5 腦-體協(xié)同發(fā)育的演化 177
6.5.1 基因調(diào)控的腦-體協(xié)同發(fā)育 177
6.5.2 神經(jīng)控制器 177
6.5.3 適合度函數(shù) 178
6.5.4 討論 178
6.6 總結(jié) 178
第7章 形態(tài)發(fā)育群機(jī)器人的演化自組織 179
7.1 形態(tài)發(fā)育與自組織 179
7.1.1 生物形態(tài)發(fā)育 179
7.1.2 形態(tài)發(fā)育自組織 179
7.2 形態(tài)發(fā)育的固定模式生成 181
7.2.1 多細(xì)胞與多機(jī)器人系統(tǒng)之間的隱喻 181
7.2.2 問(wèn)題定義 181
7.2.3 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型 182
7.2.4 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的演化優(yōu)化 184
7.2.5 仿真結(jié)果 184
7.3 自適應(yīng)形態(tài)發(fā)育邊界覆蓋 187
7.3.1 概述 187
7.3.2 分層基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 188
7.3.3 分層基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型的演化優(yōu)化 192
7.3.4 結(jié)果與討論 193
7.4 區(qū)域覆蓋的形態(tài)發(fā)育自組織 196
7.4.1 概述 196
7.4.2 區(qū)域覆蓋的分層雙層基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型 196
7.4.3 仿真結(jié)果 201
7.5 基于基因模體的形態(tài)生成 205
7.5.1 概述 205
7.5.2 網(wǎng)絡(luò)模體 206
7.5.3 基于網(wǎng)絡(luò)模體演化H-GRN 207
7.5.4 仿真結(jié)果 210
7.6 基于形態(tài)發(fā)生素?cái)U(kuò)散模型的極簡(jiǎn)機(jī)器人自組織 212
7.6.1 概述 212
7.6.2 Kilobots：一種極簡(jiǎn)型機(jī)器人平臺(tái) 213
7.6.3 形態(tài)發(fā)生素?cái)U(kuò)散模型用于跟蹤和驅(qū)趕 214
7.6.4 自組織的極簡(jiǎn)機(jī)器人協(xié)調(diào)運(yùn)動(dòng) 221
7.6.5 調(diào)控形態(tài)發(fā)生素梯度實(shí)現(xiàn)目標(biāo)包圍與自適應(yīng)形態(tài)生成 229
7.7 總結(jié) 235
第8章 通向演化發(fā)育系統(tǒng) 237
參考文獻(xiàn) 239