在合作社的登記管理方面，2003年的《民政部關(guān)于加強(qiáng)農(nóng)村專(zhuān)業(yè)經(jīng)濟(jì)協(xié)會(huì)培育發(fā)展和登記管理工作的指導(dǎo)意見(jiàn)》中指出：“對(duì)農(nóng)村專(zhuān)業(yè)經(jīng)濟(jì)協(xié)會(huì)的登記管理工作應(yīng)本著與時(shí)俱進(jìn)、求實(shí)創(chuàng)新的精神，在不違背《社會(huì)團(tuán)體登記管理?xiàng)l例》基本精神的基礎(chǔ)上，可以適當(dāng)放寬登記條件，簡(jiǎn)化登記程序�！泵裾�部通過(guò)部門(mén)文件的方式對(duì)于合作經(jīng)濟(jì)組織的登記范圍、業(yè)務(wù)主管單位和登記管理機(jī)關(guān)、登記條件和登記程序進(jìn)行了具體的規(guī)定。2007年《農(nóng)民專(zhuān)業(yè)合作社登記管理?xiàng)l例》出臺(tái)，它是依據(jù)《中華人民共和國(guó)專(zhuān)業(yè)合作社法》制定的，其目的是為了確認(rèn)農(nóng)民專(zhuān)業(yè)合作社的法人資格，規(guī)范農(nóng)民專(zhuān)業(yè)合作社登記行為。《農(nóng)民專(zhuān)業(yè)合作社登記管理?xiàng)l例》有6章33條，包括總則、登記事項(xiàng)、設(shè)立登記、變更登記和注銷(xiāo)登記、法律責(zé)任、附則等，它更加詳細(xì)地規(guī)定了合作經(jīng)濟(jì)組織登記管理方面的問(wèn)題，同時(shí)將其上升到了法律法規(guī)的高度，使之更具有約束力。 
    《農(nóng)民專(zhuān)業(yè)合作社示范章程》由總則、成員、組織機(jī)構(gòu)、財(cái)務(wù)管理以及合并、分立、解散和清算這幾個(gè)方面的規(guī)定構(gòu)成。它對(duì)于合作經(jīng)濟(jì)組織的內(nèi)部管理具有很強(qiáng)的指導(dǎo)性，因?yàn)檗r(nóng)民自發(fā)地組織起來(lái)建立合作社時(shí)，可能并沒(méi)有能力獨(dú)自起草一個(gè)全面和規(guī)范的章程，而《農(nóng)民專(zhuān)業(yè)合作社示范章程》作為一個(gè)藍(lán)本，將絕大多數(shù)的規(guī)定列示了出來(lái)，農(nóng)民只要根據(jù)本合作社的具體情況，把基本信息填列清楚，就能夠形成一個(gè)較規(guī)范的合作社章程。 
    農(nóng)村財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)管理制度一直是社會(huì)關(guān)注的焦點(diǎn)�！掇r(nóng)民專(zhuān)業(yè)合作社法》發(fā)布后，中央高度重視相關(guān)配套措施的建立和落實(shí)，2007年中央一號(hào)文件指出，“各地要加快制定推動(dòng)農(nóng)民專(zhuān)業(yè)合作社發(fā)展的實(shí)施細(xì)則，有關(guān)部門(mén)要抓緊出臺(tái)具體登記辦法、財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)制度和配套支持措施”。財(cái)政部發(fā)布的《農(nóng)民專(zhuān)業(yè)合作社財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)制度（試行）》，規(guī)定了各個(gè)合作社都將設(shè)置和使用會(huì)計(jì)科目，登記會(huì)計(jì)賬簿，編制會(huì)計(jì)報(bào)表，并對(duì)合作社財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)的管理和監(jiān)督也做了相應(yīng)規(guī)定。此法緊密結(jié)合了農(nóng)民專(zhuān)業(yè)合作社的特點(diǎn)，科學(xué)規(guī)范、簡(jiǎn)單易行，這意味著農(nóng)民專(zhuān)業(yè)合作經(jīng)濟(jì)組織的發(fā)展有了規(guī)范的財(cái)會(huì)制度保障。 
    在這一時(shí)期，各地也出臺(tái)了一些政策法規(guī)來(lái)規(guī)范合作經(jīng)濟(jì)組織。浙江省于2004年11月11日浙江省第十屆人民代表大會(huì)常務(wù)委員會(huì)第十四次會(huì)議通過(guò)了《浙江省農(nóng)民專(zhuān)業(yè)合作社條例》，規(guī)范浙江省行政區(qū)域內(nèi)的設(shè)立、分立、合并、終止農(nóng)民專(zhuān)業(yè)合作社等活動(dòng)，這是第一個(gè)綜合性規(guī)范合作經(jīng)濟(jì)組織的省級(jí)法規(guī)。這些法規(guī)為后來(lái)的《中華人民共和國(guó)專(zhuān)業(yè)合作社法》積累了經(jīng)驗(yàn)，奠定了基礎(chǔ)。 
    這些規(guī)范性的法律法規(guī)是在總結(jié)我國(guó)合作經(jīng)濟(jì)組織過(guò)去30年發(fā)展經(jīng)驗(yàn)的基礎(chǔ)上產(chǎn)生的，對(duì)于我國(guó)合作經(jīng)濟(jì)組織未來(lái)的發(fā)展有著非常重要的意義。首先，這些法律法規(guī)標(biāo)志著合作經(jīng)濟(jì)組織相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)的逐步建立，合作經(jīng)濟(jì)組織的發(fā)展不再像以前一樣缺乏統(tǒng)一規(guī)范；其次，這些法律法規(guī)對(duì)于合作經(jīng)濟(jì)組織的規(guī)范使得我國(guó)的合作經(jīng)濟(jì)組織逐步與世界其他國(guó)家接軌，這將大力提高我國(guó)合作經(jīng)濟(jì)組織的競(jìng)爭(zhēng)能力，有力地促進(jìn)合作經(jīng)濟(jì)組織對(duì)于農(nóng)村發(fā)展的推動(dòng)作用。 
    ……